Ngô Thị Hoàng Yến là đảng viên Đảng Cộng sản Việt Nam.

Tháng 3 năm 2014, Ngô Thị Hoàng Yến là Thượng tá công an, Giám đốc Trung tâm Thông tin Quốc gia về tội phạm thuộc Cục Hồ sơ nghiệp vụ Cảnh sát, Bộ Công an.[1]

Tháng 8 năm 2019, Ngô Thị Hoàng Yến là Đại tá, Phó Cục trưởng Cục công tác Đảng và công tác chính trị, Bộ Công an.[2]

Tháng 11 năm 2019, Ngô Thị Hoàng Yến là Thiếu tướng Công an nhân dân Việt Nam, Phó Cục trưởng Cục Công tác Đảng và công tác chính trị, Bộ Công an.[3]

Ngày 4 tháng 6 năm 2020, bà được Bộ trưởng Tô Lâm bổ nhiệm giữ chức vụ Cục trưởng Cục Hồ sơ nghiệp vụ, Bộ Công an thay thiếu tướng Tô Văn Huệ.[4]